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南通市气象局为正处级单位，负责管理南通所辖海安、如皋、如东、海门、启东、通州6县(市)、区气象局和吕泗国家基准气候站。南通是我国近代气象事业的发祥地。光绪三十二年，我国著名实业家、教育家,中国气象学会第一、二届名誉会长张謇创办了“南通博物苑测候室”，1917年建成“军山气象台”。军山气象台是国人自办近代气象事业的开始,被称为“中国私家气象台之鼻祖”。1949年5月1日，南通恢复测候工作。负责本行政区域内气象事业发展规划、计划的制定及气象业务建设的组织实施；对本行政区域内的气象活动进行指导、监督和行业管理；负责本行政区域内的气象台站和气象设施的审查、组织建设和维护管理；组织管理本行政区域内气象探测资料的采集、汇总、传输；依法保护气象探测环境；负责本行政区域内的气象监测、预报和公共气象服务管理工作，及时提出气象灾害防御措施，并对重大气象灾害进行评估，为本级人民政府组织防御气象灾害提供决策依据；管理本行政区域内公众气象预报、灾害性天气警报以及农业气象预报、城市环境气象预报、海洋气象预报、火险气象等级预报等专业气象预报的发布；管理、制定人工影响天气作业方案，在本级人民政府的领导和协调下指导和组织人工影响天气作业，指导县级人工影响天气作业；组织管理雷电灾害防御工作，会同有关部门指导对可能遭受袭击的建筑物、构筑物和其它设施安装的雷电灾害防护装置的检测工作；负责向本级人民政府和同级有关部门提出利用、保护气候资源和推广应用气候资源区划等成果的建议；组织对气候资源开发利用项目进行气候可行性论证；组织开展法制宣传教育，负责监督有关气象法规的实施，对违反《中华人民共和国气象法》有关规定的行为依法进行处罚，承担有关行政复议和行政诉讼；统一领导和管理本行政区域内气象部门的计划财务、人事劳动、科研和培训以及业务建设等工作；会同县（市）人民政府对县（市）气象主管机构实施以部门为主的双重管理；会同地方党委和人民政府做好当地气象部门的精神文明建设和思想政治工作；承担省气象局和南通市人民政府交办的其它事项。