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南通市交通运输局负责贯彻落实中央关于交通运输工作的方针政策和省市委的决策部署，在履行职责过程中坚持和加强党对交通运输工作的集中统一领导。其主要职责是：（一）贯彻执行党和国家有关交通运输的方针政策、法律法规，组织起草交通运输地方性法规、规章草案，拟订交通运输行业有关政策并监督实施，负责全市交通运输行业体制改革工作。（二）组织编制全市综合交通运输体系规划，组织拟订全市公路、航道、港口、民用航空、城市公共交通和交通物流业等行业发展规划和计划并监督实施，参与拟订铁路规划。组织编制城市客运发展规划，参与城市客运有关设施的规划。组织编制交通运输枢纽规划。负责交通运输行业统计和信息发布工作。（三）组织实施国家、省、市重点和大中型交通运输基础设施建设。负责全市交通运输基础设施建设和维护的行业管理。负责全市港口岸线、陆域、水域交通运输的统一管理工作。（四）承担全市道路、水路运输市场监管责任。负责城市客运管理及出租汽车行业管理工作。负责除机场外交通运输站场（枢纽）建设管理工作。负责交通物流市场管理工作。（五）指导全市交通运输综合行政执法工作。负责除长江和沿海以外的本市其他通航水域的水上安全监督、内河救助打捞工作。负责船舶检验和船舶防污监督管理工作。（六）组织实施全市交通运输行业投融资政策和规费政策。参与交通运输建设资金筹集，负责提出交通运输专项资金安排意见，负责交通运输预算资金的申请、拨付和监管。指导监督交通国有资产管理和保值增值。负责交通运输行业内部审计工作。（七）拟订全市交通运输行业科技与信息化政策、规划和规范并组织实施，组织重大交通运输科技项目攻关。组织协调交通运输行业信息化项目的建设与管理。指导并监督交通运输行业质量、技术、环保和节能减排工作。（八）负责全市交通运输行业安全生产的监督管理。承担并指导全市交通运输行业应急处置工作。组织实施重点物资运输和紧急运输。（九）负责全市民用航空的有关管理和服务工作，组织引导全市通用航空产业发展。承担市国防动员委员会交通战备办公室工作。（十）指导全市交通运输行业队伍建设和精神文明建设。指导全市交通运输行业利用外资和对外交流合作工作。（十一）完成市委、市政府交办的其他任务。